L'Università di Pisa è governata e regolata da un insieme di organi decisionali:
Il Senato Accademico è l'organo che determina la politica culturale dell'Università esercitando compiti di programmazione, di governo, e di coordinamento.
E' composto da 33 membri: Il Magnifico Rettore, il Prorettore Vicario, il Direttore amministrativo, i presidi delle 11 facoltà, 2 rappresentanti per ognuna delle 6 aree tematiche, 2 rappresentati del personale tecnico-amministrativo e 5 rappresentanti degli studenti.
Il Consiglio di Amministrazione è l'organo che provvede alla gestione amministrativa, finanziaria, economica e patrimoniale dell'ateneo.
E' composto da 13 membri: Il Magnifico Rettore, il Prorettore Vicario, il Direttore amministrativo, 1 rappresentante del Collegio dei Direttori dei Dipartimenti, 2 rappresentanti dei professori di I° fascia, 2 rappresentanti dei professori di II° fascia, 2 rappresentanti dei ricercatori, 2 rappresentanti del personale tecnico-amministrativo e 3 rappresentanti degli studenti.
Il Consiglio degli studenti è l'organo autonomo di organizzazione e coordinamento degli studenti dell'Università e ha compiti di promozione della partecipazione studentesca, di coordinamento delle rappresentanze degli studenti negli altri organi centrali di governo.
